В 1993 году аэропорт получил статус международного.
В 2005 году для обслуживания трансферных пассажиров и пассажиров международных рейсов в аэропорту был открыт терминал №2.
К 2006 году завершились работы по замене покрытия взлетно-посадочной полосы на асфальтобетон с армированной полимерной сеткой.
2008 год ознаменован открытием на территории аэропорта современного терминала прилета с пропускной способностью 500 чел/час (терминал №3).
В 2008 году произведена реконструкция светосигнального оборудования и установлена система огней высокой интенсивности – осевые огни и огни зоны приземления.
В 2012 году завершена сертификация по стандартам Part-145, позволяющая выполнять оперативные формы для воздушных судов типа MD-11F, A 319, 320, 321 с двигателями определенных конфигураций.
В 2014 году система менеджмента качества аэропорта Красноярск (Емельяново) была сертифицирована по стандарту ISO 9001:2008.
В 2015 году началось строительство нового пассажирского терминала аэропорта.
В 2016 году аэропорт Красноярск вошел в перечень аэропортов федерального значения.
26 декабря 2017 года был открыт новый пассажирский терминал.
27 декабря 2017 – первый рейс из нового терминала в Норильск.
В марте 2018 запущены телетрапы.
18 апреля 2018 года был представлен новый логотип аэропорта.
В ноябре 2018 года побит исторический рекорд по пассажиропотоку – 2,5 миллиона человек.
19 февраля 2019 года международная граница перенесена в новый терминал.
С 25 февраля по 15 марта 2019 года международный аэропорт Красноярск – воздушные ворота Зимней универсиады.
1 марта 2019 – открытие делового терминала Т2 (реконструирован исторический терминал внутренних вылетов).
26 марта 2019 года международный аэропорт Красноярск (Емельяново) был переименован в международный аэропорт Красноярск.
31 марта, КЭФ – подписание трехстороннего договора с краевым правительством и Аэрофлотом о создании авиахаба.
Конкурс «Великие имена России»: 31 мая аэропорт официально назван в честь Д. А. Хворостовского.
С 7 по 9 июля – организация и проведение двух международных форумов по пассажирским и грузовым авиаперевозкам Нетворк и Нетворк Карго.
8 июля 2019 года – аэропорт Красноярск признан самым динамично развивающимся аэропортом Евразии.
Август 2019 – начало реконструкции МРД.
16 октября 2019 года – ко дню рождения оперного певца Д. А. Хворостовского в главном терминале появился белый рояль.
В апреле 2020 года международный аэропорт Красноярск имени Д.А. Хворостовского занял второе место в рейтинге самых удобных аэропортов России по версии журнала «Форбс».
26 сентября 2020 года состоялся единственный благотворительный забег по взлетно-посадочной полосе в действующем аэропорту, приуроченный к 40-летнему юбилею аэропорта Красноярск.
Ноябрь 2020 – аэропорт Красноярск вошел в тройку самых безопасных аэропортов России.
По итогам 2020 года грузовой трафик международного аэропорта Красноярск вырос на 240%.
Февраль 2021 – международный аэропорт Красноярск признан одним из наиболее клиентоориентированных аэропортов мира в условиях пандемии COVID-19, а также получена главная отраслевая награда «Лучший аэропорт: противостояние вызовам 2020» в VII национальной премии «Воздушные ворота России».
В марте 2021 в аэропорту Красноярск стартовал уникальный проект для России – «Собака эмоциональной поддержки» для пассажиров, испытывающих дискомфорт при перелете.
31 мая состоялась торжественная церемония открытия первого регионального хаба авиакомпании «Аэрофлот» в международном аэропорту Красноярск.
С 1 июня стартовала полетная программа первого этапа запуска авиахаба Аэрофлота в аэропорту Красноярск, в которую вошли Краснодар, Сочи, Симферополь, Благовещенск и Иркутск.