В 1993 году аэропорт получил статус международного.
В 2005 году для обслуживания трансферных пассажиров и пассажиров международных рейсов в аэропорту был открыт Терминал №2.
К 2006 году завершились работы по замене покрытия взлетно-посадочной полосы на асфальтобетон с армированной полимерной сеткой.
2008 год ознаменован открытием на территории аэропорта современного Терминала прилета, с пропускной способностью 500 чел/час (Терминал №3).
В 2008 году произведена реконструкция светосигнального оборудования и установлена система огней высокой интенсивности - осевые огни и огни зоны приземления.
В 2012 году завершена сертификация по стандартам Part-145, позволяющая выполнять оперативные формы для воздушных судов типа MD-11F, A 319, 320, 321 с двигателями определенных конфигураций.
В 2014 году система менеджмента качества аэропорта Красноярск (Емельяново) была сертифицирована по стандарту ISO 9001:2008.
В 2015 году началось строительство нового пассажирского терминала аэропорта.
В 2016 году аэропорт Красноярск (Емельяново) вошел в перечень аэропортов федерального значения.
В 2017 году был открыт новый пассажирский терминал.